第一、法律效力风险。汽车合格证质押授信业务最为主要的风险是合格证质押的法律效力风险。
《物权法》第二百一十二条规定，质权自出质人交付质押财产时设立。在汽车合格证质押授信业务中，经销商并没有真正将质物汽车移交给质权人银行占有，而是移交合格证给银（或银行委托第三方）行占有。虽然实践中，有的或多变通的做法，例如，银行向4S店派驻监管员，视为已经移转质物占有，或者银行与4S店签署仓库租赁协议等，认为4S店已经是银行的监管仓库，该仓库里面的汽车已经视为银行占有等等。这些做法，都是不符合法律规定的“移转占有为质押生效”的典型生效要件，其风险是不言而喻的。银行仅凭对汽车合格证的占有是不足以证明对动产的实际占有的，在法律上不能获得充分保护。在业务实践中，由于对车辆实物的监管不到位，车辆发生损毁、盗窃等，银行将无法在第一时间获知，并且对车辆的出入库情况也无法掌握，从而不能对账实相符情况进行实时监管。
第二、经销商的道德风险。合格证作为汽车的“身份证”，是车辆上牌的必须凭证，银行通过控制合格证，在某种程度上就实现了对车辆的监管。但是，若银票签发后厂方与商家共同欺诈，厂方重新对相关车辆补发合格证，商家可据此销售、用户可凭此上牌，从而不受银行所控制。或者，商家与用户联合欺诈，对购置的车辆暂时不上牌。在这种情况下，车辆销售后暂时无需银行控制的合格证用以上牌，银行无法获悉实物的去向，导致车辆实物的流失。由于合格证质押业务中并没有真正移转质物汽车的占有，经销商将已经质押的汽车有作为抵押物向其他银行办理抵押授信业务，且经工商登记抵押行为的，根据物权法、担保法等相关规定，经法定登记的抵押权优先于质权。这样一来，质权就面临落空的危险，这样的故事，在实践中并不难找。
第三、保证金账户的法律风险。在实务操作中，银行除了向汽车销售企业收取固定比例的银票保证金外，还要求企业在银行分别开立活期的保证金账户。银企双方对保证金账户作如下约定：用于对已办理质押车辆销售款的封闭运行，资金只进不出，以保证银票到期兑付。即使银行与经销商双方签订质押合同约定保证金账户资金用于授信担保，如汽车销售商与第三方发生债务纠纷，法院可能会应第三方请求而查封执行该保证金账户，从而银行债权难以依据该保证金账户得到清偿。虽然《担保法司法解释》第八十五条规定，债务人或者第三人将其金钱以特户、封金、保证金等形式特定化后，移交债权人占有作为债权的担保，债务人不履行债务时，债权人可以以该金钱优先受偿。由于就目前而言，这是“保证金”质押、“账户”质押几乎唯一的法律依据，在实践操作中，很难得到法院的认可。这样的保证金的法律性质，难以具有“银行承兑汇票”和“信用证”保证金那样的没有争议的法律效力，因为“银行承兑汇票”和“信用证”保证金另有明确的最高法院的司法解释依据。
虽然合格证质押具有较大的风险，但是在实践中，银行与经销商、生产商都具有较大业务需求和冲动，因此，研究汽车合格证质押授信业务的风险防范措施就显得非常有必要了。
第一、防范合格证质押法律风险。由于合格证质押没有明确的法律依据，是没有办法彻底防范法律风险的，只有采取其他一些辅助措施，进行风险的转化和控制。银行将通过密切关注国家宏观政策面与企业微观面的变化，按照银监会三个办法一个指引的要求，从与贷款风险有关的受理、调查、审查、签约、发放、支付、后管、处置等八个环节进行控制，及时关注分析企业发展动态来加以防范。具体可以采取的措施有：对质押车辆类型严格筛选，要求销售商提供质押的车辆必须做到技术成熟、覆盖面广、价格相对稳定、生产厂商实力雄厚；适当提高银票保证金比例，减少敞口额度，提高不动产质押率；降低贷款风险系数，督促并引导企业理性经营，强化风险意识，绝不能为了冲量而盲目积压库存。帮助企业合理盘活、运用资金，当好企业理财顾问；要求经销商提供其他担保以及经销商实际控制人个人保证担保，将有限公司有限责任清偿向个人无限责任清偿转化，督促企业主审慎经营。防范动产占有权及车辆监管的操作风险。银行应考虑积极创造条件，向汽车销售商派驻仓管员或指定存放仓库，对所质押车辆实现真正的动产占有，并实行严格的专人全天候监管。
第二、防范经销商的道德风险。银行要真正“了解你的客户”，了解客户的品质和诚信，把钱贷给银行所了解和信赖的人。商业银行应真正吸纳有品牌、有资产、讲信用的优质企业作为合作伙伴，以从源头上控制道德风险的产生。合格证的唯一性风险则可以通过签订“厂、商、银三方合作协议书”，由厂方承诺合格证的唯一性，并约定未经银行书面同意不予补发来规避。
第三、防范保证金账户质押风险。对于保证金账户资金银行能否优先受偿问题，银企双方可以在合作协议书中对保证金账户的性质做出明示约定，以期从法律上得到保护。即使此明示条款不能得到法院的认可，银行也可采取诸如定期将保证金账户资金转为存单质押形式等办法来规避。
